马桶的水箱结构中，主要部件包括进水管、充水阀、漏水管、鼓风管、水箱盖板等。其中，充水阀的作用是控制水位，当水位达到预设高度时，阀门会自动关闭，停止进水。漏水管则是用来放水的，当水箱中的水位高度太高时，水便会从漏水管流出，以保证水箱中水的高度合适。鼓风管的主要作用是自来水的质量普遍较重，容易在水内淤积，使用鼓风管可将水内淤积的气体排出，保证水质的好坏。水箱盖板的作用则是防止灰尘落入水箱，同时美化马桶的外观。
除此之外，马桶水箱结构也有多种设计，如隐形水箱，其外观更美观，安装在墙内的水箱设计，还有便器与水箱相分离设计的智能坐便器等。这些设计不仅充分考虑了用户的使用需求，同时也提高了整个马桶的实用性和美观性。