原位杂交是利用已知基因序列，定位目标位置，通过热力法、化学方法等将相应的探针标记在所需基因序列上，从而在细胞水平上实现精准的基因检测的方法。在作物育种中，原位杂交技术体现了其显著优势，可以提高作物繁殖覆盖率和新品种选育速度。
目前，在农作物育种过程中，垂直育种和横向育种都离不开原位杂交技术的支持。垂直育种是在同一作物基因库里选育新品种，在同一遗传背景下进行育种工作，相比横向育种，具有更高的快速性、针对性和稳定性。而横向育种是采用异源材料作为基因库的育种方法，与垂直育种相比，可以在较短时间内获得多样化的优质材料，具有更高的基因潜力。